Ikan menjadikan areal mangrove sebagai tempat untuk pemijahan, habitat permanen atau tempat berbiak (Aksornkoae, 1993). Sebagai tempat pemijahan, areal mangrove berperan penting karena menyediakan tempat naungan serta mengurangi tekanan predator, khususnya ikan predator. Dalam kaitannya dengan makanan, hutan mangrove menyediakan makanan bagi ikan dalam bentuk material organik yang terbentuk dari jatuhan daun serta berbagai jenis hewan invertebrata, seperti kepiting dan serangga. Selain itu, mangrove juga merupakan tempat pembesaran anak-anak ikan. Sasekumar, dkk (1992) mencatat sebanyak 119 jenis ikan hidup pada sungai-sungai kecil di daerah mangrove di Selangor, Malaysia, dimana sebagian besar diantaranya masih berupa anakan. Hal yang sama dapat dilihat di Segara Anakan, tercatat lebih dari 60 % ikan yang tertangkap merupakan ikan muda (Wahyuni, dkk, 1984).
Beberapa jenis ikan yang ditemukan di areal mangrove antara lain Tetraodon erythrotaenia, Pilonobutis microns, Butis butis, Liza subvirldis, dan Ambasis buruensis (Erftemeijer, dkk, 1989). Di Indonesia, Burhanuddin (1993) mencatat sebanyak 62 jenis ikan hidup di daerah mangrove di Pulau Panaitan, Taman Nasional Ujung Kulon. Ikan yang dominan ditemukan adalah Mugil cephalus yang bersifat herbivora, sedangkan jenis-jenis lain yang juga umum ditemukan adalah Caranx kalla, Holocentrum rubrum, Lutjanus fulviflamma dan Plotosus canius yang bersifat karnivora, serta Toxotes jaculator yang bersifat insektivora. Ikan gelodok (Periopthalmus spp., Scartelaos spp.; MacNae, 1968) merupakan ikan yang sering sekali terlihat “berenang” pada genangan air berlumpur atau menempel pada akar mangrove.
