Dalam hal kelangkaan, di Indonesia terdapat 14 jenis mangrove yang langka, yaitu: Lima jenis umum setempat tetapi langka secara global, sehingga berstatus rentan dan memerlukan perhatian khusus untuk pengelolaannya. Jenis-jenisnya adalah Ceriops decandra, Scyphiphora hydrophyllacea, Quassia indica, Sonneratia ovata, Rhododendron brookeanum (dari 2 sub-jenis, hanya satu terkoleksi).
Lima jenis yang langka di Indonesia tetapi umum di tempat lainnya, sehingga secara global tidak memerlukan pengelolaan khusus. Jenis-jenis tersebut adalah Eleocharis parvula, Fimbristylis sieberiana, Sporobolus virginicus, Eleocharis spiralis dan Scirpus litoralis.
Empat jenis sisanya berstatus langka secara global, sehingga memerlukan pengelolaan khusus untuk menjamin kelangsungan hidupnya. Jenis-jenis tersebut adalah Amyema anisomeres, Oberonia rhizophoreti, Kandelia candel dan Nephrolepis acutifolia. Dua diantaranya, A. anisomeres dan N.acutifolia hanya terkoleksi satu kali, sehingga hanya diketahui tipe setempat saja.