Untuk kepentingan konservasi serta pengelolaan sumberdaya alam, jenis-jenis yang
bersifat langka dan endemik haruslah diberi perhatian lebih. Hanya sedikit jenis mangrove
yang bersifat endemik di Indonesia. Hal tersebut kemungkinan disebabkan karena buah
mangrove mudah terbawa oleh gelombang dan tumbuh di tempat lain. Selain Amyema
anisomeres (mangrove sejati), masih terdapat 2 jenis endemik lainnya (mangrove ikutan),
yaitu Ixora timorensis (Rubiaceae) yang merupakan jenis tumbuhan kecil yang diketahui
berada di Pulau Jawa dan Kepulauan Sunda Kecil, serta Rhododendron brookeanum
(Ericaceae) yang merupakan epifit berkayu yang diketahui berada di Sumatera dan
Kalimantan.
Dalam hal kelangkaan, di Indonesia terdapat 14 jenis mangrove yang langka, yaitu:
Lima jenis umum setempat tetapi langka secara global, sehingga berstatus rentan
dan memerlukan perhatian khusus untuk pengelolaannya. Jenis-jenisnya adalah
Ceriops decandra, Scyphiphora hydrophyllacea, Quassia indica, Sonneratia ovata,
Rhododendron brookeanum (dari 2 sub-jenis, hanya satu terkoleksi).
Lima jenis yang langka di Indonesia tetapi umum di tempat lainnya, sehingga
secara global tidak memerlukan pengelolaan khusus. Jenis-jenis tersebut adalah
Eleocharis parvula, Fimbristylis sieberiana, Sporobolus virginicus, Eleocharis spiralis
dan Scirpus litoralis.
Empat jenis sisanya berstatus langka secara global, sehingga memerlukan
pengelolaan khusus untuk menjamin kelangsungan hidupnya. Jenis-jenis tersebut
adalah Amyema anisomeres, Oberonia rhizophoreti, Kandelia candel dan
Nephrolepis acutifolia. Dua diantaranya, A. anisomeres dan N.acutifolia hanya
terkoleksi satu kali, sehingga hanya diketahui tipe setempat saja.
