Jenis-jenis burung yang hidup di daerah mangrove tampaknya tidak terlalu berbeda dengan jenis-jenis yang hidup di daerah hutan sekitarnya. Mereka menggunakan mangrove sebagai habitat untuk mencari makan, berbiak atau sekedar beristirahat. Bagi beberapa jenis burung air, seperti Kuntul (Egretta spp), Bangau (Ciconiidae) atau Pecuk (Phalacrocoracidae), daerah mangrove menyediakan ruang yang memadai untuk membuat sarang, terutama karena minimnya gangguan yang ditimbulkan oleh predator.
Bagi jenis-jenis pemakan ikan, seperti kelompok burung Raja Udang (Alcedinidae), mangrove menyediakan tenggeran serta sumber makanan yang berlimpah. Bagi berbagai jenis burung air migran (khususnya Charadriidae dan Scolopacidae), mangrove memainkan peranan yang sangat penting dalam migrasi mereka. Mangrove tidak hanya sebagai tempat perhentian, akan tetapi juga sebagai tempat perlindungan dan mencari makan. Beberapa lokasi yang sangat penting bagi burung bermigrasi diantaranya adalah Pantai Timur Sumatera (Danielsen & Verheugt, 1989; Rusila 1991; Giesen, 1991;), Pantai Utara Jawa (Erftemeijer & Djuharsa, 1988 dan Rusila 1987) dan Pantai Barat Sulawesi Selatan (Baltzer, 1990 dan Giesen, dkk, 1991). Sementara itu, beberapa daerah lain di Kalimantan, Sulawesi dan Irian kemungkinan juga merupakan lokasi-lokasi yang penting, akan tetapi masih diperlukan survey yang lebih mendalam untuk membuktikan hal tersebut. Balen (1988) mencatat sebanyak 167 jenis burung terestrial di hutan mangrove Pulau Jawa, merupakan 34 % dari seluruh jenis burung yang telah tercatat di Pulau Jawa (Andrew, 1992). Verheught, dkk (1993) menemukan sebanyak 120 jenis burung (atau 150 jenis jika termasuk daerah lumpur disekitar hutan mangrove) di daerah limpasan banjir dan pasang surut di Sumatera Selatan (56% dari total burung yang ditemukan di daerah tersebut atau 25% dari seluruh jenis burung di Sumatera). Di Sulawesi Selatan, Baltzer (1990) melaporkan dari 141 jenis burung yang ditemukan di lahan basah propinsi tersebut, sebanyak 81 jenis ditemukan di hutan mangrove (58 % atau 21 % dari seluruh burung di Sulawesi). Sementara itu, di Irian Jaya, Erftmeijer, dkk (1991) menemukan 64 jenis burung hidup di hutan mangrove diantara 90 jenis yang ditemukan di teluk Bintuni (71% atau 10% dari seluruh burung di Irian Jaya). Disamping itu, dari 17% total jumlah burung yang tercatat di Pulau Sumba, 27 jenis ditemukan di daerah Mangrove Pulau Sumba (Zieren, dkk, 1990).
Pangkalan Data Lahan Basah (Wetland Data Base) mencatat setidaknya 200 jenis burung hidup bergantung pada habitat mangrove. Jumlah ini mewakili 13% dari seluruh jenis burung yang ada di Indonesia (Andrew, 1992). Mangrove juga merupakan habitat yang baik bagi beberapa jenis burung yang telah langka atau terancam kepunahan, seperti: Wilwo (Mycteria cinerea - Milky Stork - Ciconiidae). Jenis ini telah dianggap sebagai salah satu jenis bangau yang paling terancam di seluruh dunia (Verheught, 1987). Populasinya diperkirakan hanya tinggal berjumlah 5000 - 6000 ekor saja (Verheught, 1987 dan Rose & Scott, 1994), dimana lebih dari 90% diantaranya ditemukan di daerah hutan bakau di Indonesia, terutama di Sumatera dan Jawa. Mereka hanya diketahui berbiak di hutan mangrove di Hutan Bakau Pantai Timur (Danielsen dan Skov, 1987), Tanjung Koyan, hutan bakau Tanjung Selokan dan hutan bakau Semenanjung Banyuasin, seluruhnya di Sumatera Selatan (Danielsen, dkk, 1991). Di Jawa jenis ini hanya diketahui berbiak di hutan bakau Pulau Rambut (Allport & Wilson, 1986 dan Rusila, dkk, 1994).
Bubut hitam (Centropus nigrorufus - Sunda Coucal - Cuculidae). Jenis ini telah tercantum dalam Red Data Book dalam kategori Vulnerable. Merupakan jenis endemik Pulau Jawa. Pada saat ini, jenis ini diperkirakan hanya bertahan hidup di kawasan hutan mangrove dan rawa sekitar Tanjung Karawang, Indramayu dan Segara Anakan (Andrew, 1990).
Bangau tongtong (Leptoptilos javanicus - Lesser Adjutant - Ciconiidae). Bagi jenis yang tergolong vulnerable ini, hutan mangrove merupakan habitat penting untuk bersarang atau mencari makan (Silvius & Verheught, 1989). Populasi mereka sebagian besar terdapat di pantai timur Sumatera (Sumatera Selatan, Jambi dan Riau) dan beberapa kawasan hutan bakau di Delta Sungai Brantas dan Bengawan Solo, pantai utara Jawa (Erftmeijer & Djuharsa, 1988) serta hutan mangrove di Segara Anakan yang merupakan hutan mangrove terbesar yang saat ini tersisa di Pulau Jawa (Erftmeijer, dkk, 1988).
